高浓度臭氧水机的原理是紫外线的光谱波长在490nm-140nm规模内具有灭菌能力。微生物遭到紫外线照耀后，气体内的核蛋白质会因吸收紫外线光谱能量而变性，引起新陈代谢妨碍，然后损失繁衍能力。当照耀剂量增大一定量时，微生物细胞被损坏致死。紫外线对澄清透明的水有一定的穿透力，因此能使水消毒。

　　依据测试，使用一般高浓度臭氧水机在水中曝气，能达到的臭氧水浓度为0.2～0.3mg/L，这种浓度下臭氧对各种农药基本无任何作用。法国Buescher等人的测试显现，对容易去除的有机磷农药，臭氧浓度要达5～10mg/L作用10～15分钟才能有满意的去除，而对有机氯农药，在20mg/L臭氧水下作用15分也才有50%去除。而只需超过浓度1～2mg/l臭氧水的浸泡会使果蔬漂白并且严重破坏营养，独自臭氧氧化去除农药无法达到作用。使用国外前沿的氧化技术，经过催化臭氧化过程，在水中构成具有很强氧化能力的自由基强化分化剩余农药，提高了氧化能力和反应速度，同时因臭氧水浓度不需很高也不致破坏果蔬营养物质。

　　选用紫外消毒时，不同的对像菌致死所需的照耀能量差异较大，另一方面原水水质对紫外灭菌作用也有影响，紫外线因在水中的穿透能力有限而难以到达理想作用。并且紫外消毒不能像余氯那样保持消毒作用。

　　臭氧具有比氯更强的氧化消毒能力，不但能够较彻底地灭菌消毒，并且能够降解水中含有的有害成分和去除重金属离子以及多种有机物等杂质，如铁、锰、硫化物、苯、酚、有机磷、有机氯、氰化物等，还能够使水除臭脱色，然后到达净化水的目的。臭氧习惯能力强，受水温、PH值影响较小。臭氧习惯规模广，不受菌种限制，灭菌作用比氯消毒和紫外消毒作用好。与氯不同的是残余臭氧能够自行分化为氧气，不会发生二次污染。臭氧处理后的水无色无臭，口感好，能改进饮用水品质。